השנה היא 1946, זמן קצר לאחר תום מלחמת העולם השנייה. מחצית מיהודי רומניה נרצחו בשואה, ואלו ששרדו צריכים כעת להתמודד עם סימני שאלה משמעותיים באשר לצעדים הבאים בחייהם. חלק מוצאים את עצמם נמשכים לרעיון הציוני, ובעקבות כך מתחדשות ומוקמות תנועות נוער רבות ברחבי רומניה, כשהגדולה שבהן היא תנועת השומר הצעיר. באותה השנה, במחנה קיץ של חניכי השומר הצעיר ברומניה, הוחלט על הקמת גרעין חדש - 'מגן' - וחבריו מצטרפים להכשרה לקראת עלייה לארץ ישראל.
ב-1947 עוזבים חברי הגרעין את רומניה ומפליגים לארץ, אך האוניות שעליהן הפליגו נתפסות על ידי הבריטים וכל חברי הגרעין מגורשים לקפריסין. במרץ 1948 אישרו הבריטים לצעירים מתחת לגיל 16 ולמבוגרים מעל לגיל 45 לעלות לארץ, ובעזרת ארגון "ההגנה", שסייע בזיוף תעודות וגילאים, עלו סוף-סוף חברי גרעין 'מגן' לארץ והתפצלו לשתי קבוצות על מנת לעבור הכשרה. רובם נשלחו לקיבוץ גת והשאר לקיבוץ יד מרדכי ששכן באותה תקופה בחוות עלי קאסם בדרום השרון, כיוון שנכבש על ידי הצבא המצרי במלחמת העצמאות. בסוף 1948 התאחדו הקבוצות מחדש ביד מרדכי, וב-16 לאוגוסט 1949 עלו לקרקע והתמקמו על התל 'שייח נוראן'. בעלון הקיבוץ 'הדי מגן' שיצא לכבוד חג החומש פורסם קטע שנוסח על ידי חברי הקיבוץ ביום העליה לקרקע, המתאר את השתלשלות האירועים שהובילה אותם ליום זה ואת מחויבותם להקמת הקיבוץ והפרחת הנגב:
הימים הראשונים היו מלאי אתגרים - לא הייתה זרימת מים סדירה לקיבוץ, ופעם בשלושה ימים נסעו החברים לקיבוץ גבולות על מנת להביא מים במיכלים. הצריפים הוקמו ללא גגות כיוון שעוד לא הגיעו רעפים לקיבוץ, והחברים נאלצו להתמודד עם השמש הקופחת של הנגב ללא צל מספק. לא היה גורם בריאותי בקיבוץ מלבד חברה אחת שעברה קורס חובשות. לא הייתה דרך לקיים תקשורת עם משפחה או חברים שאינם נמצאים בקיבוץ, וגם לא דרך להתעדכן במצב במדינה או בעולם, כיוון שהדואר והעיתונים לא הגיעו לקיבוץ כלל בחודשים הראשונים. מאוחר יותר רכש הקיבוץ רכב משא שהיה יוצא מידי פעם לקניות מחוץ לקיבוץ ומביא איתו עותק של 'על המשמר'. גם מקלחת לא הייתה, ומידי פעם היו החברים נוסעים על עגלה עם פרדה לקיבוץ נירים על מנת להתקלח. בספרון 'אגדות מגן' שיצא לכבוד חג ה-30 של הקיבוץ נכתב קטע קצר על המקלחות בנירים:
בשנת 1951 מטלטלת את הקיבוץ פרשייה פוליטית שהובילה לסילוק של שבעה מחבריו. קבוצה מתוך חברי הקיבוץ, בראשות זוניה שוורץ, מחליטה להצטרף למק"י - המפלגה הקומוניסטית בישראל. המעשה הזה סיכן את הקולקטיביות הרעיונית בקיבוץ (כלומר הקו האחיד של הקיבוץ הארצי-השומר הצעיר), שבאותם ימים הייתה כלל ברזל. בעקבות כך, ביולי של אותה השנה נערכו בקיבוץ בירורים רעיוניים בהשתתפות נציג של תנועת השומר הצעיר, ובסיומם נערכה הצבעה שמטרתה לבדוק מי מסכים עם דעותיו של שוורץ. שישה חברים הצביעו בעדו, ובשיחת הקיבוץ בתאריך 24 ביולי 1951 הוחלט ברוב של 55 חברים להוציא אותם מהקיבוץ.
ציטוטים מתוך הבירור הפוליטי שנערך הודפסו בעלון הקיבוץ:
השנים הבאות בקיבוץ מגן הן שנים של צמיחה והתפתחות משקית, קהילתית ותרבותית - הבתים הראשונים בקיבוץ (שאינם צריפים) מקבלים אליהם דיירים לראשונה, מוקם עדר צאן, ניטעים מטעי שזיפים, כרם וזיתים, מגיע גרעין ראשון לקיבוץ - גרעין 'ניצנים' מגן שמואל (1952), נבנה אמפיתיאטרון, מונח קו טלפון ראשון, מותקן רדיו בכל חדר, נסלל כביש שמוביל לקיבוץ, נחנך מועדון התרבות, גרעין 'פלד' מגיע לקיבוץ (1955), נבנית המסגרייה, נפתח קו אוטובוס יומי מבאר שבע וקו של מים זורמים מגיע לקיבוץ.
לצד הצמיחה המשמעותית, הקיבוץ נאלץ להתמודד עם קשיים ביטחוניים רבים. מסתננים מרצועת עזה (פדאיון) מגיעים לאזור כדרך קבע, גונבים מהקיבוץ ועושים נזק לרכוש. בשנת 1953 הם גונבים כמות משמעותית של כבשים מעדר הצאן, ובשנת 1954 הם כורתים עצי זית רבים במטע הקיבוץ. גם המודיעין המצרי חודר לקיבוץ מספר פעמים וגונב ספרים מהספרייה, לשם הרתעה והפגנת יכולות. הדרך היחידה שחיברה את קיבוץ מגן למרכז הארץ הייתה מלאה במוקשים, וב-1955 עולה על אחד מהם ג'יפ והנהג נפצע ונשלח לבית החולים.
בעקבות מבצע קדש בשנת 1956, נעצרו באופן זמני חדירות המסתננים מרצועת עזה ושרר שקט יחסי באזור. בגלל קרבתו של קיבוץ מגן לגבול המצרי, הוחלט להקים בבית התרבות של הקיבוץ בית חולים צבאי ששימש לטיפול בחיילים שחוזרים מהחזית. במלחמה זו איבד הקיבוץ את החבר הקיבוץ דן צור, שנפל בקרבות באזור סואץ. בספרון שפורסם בקיבוץ הודפס קטע מתוך המכתב האחרון שכתב למשפחתו בקיבוץ לפני מותו:
באותה התקופה כמות גדולה של חברים עוזבים את הקיבוץ, ובשנת 1960, בתמיכת התנועה, קיבוץ מזרע מאמץ את קיבוץ מגן ושולח לשם קבוצה של כעשרה אנשים במטרה לעזור עם עומס העבודה במשק ובחברה.
בשנים אלו מגיעות גם מספר השלמות למגן - חברת הנוער מגינים (1957), גרעין סער (1961), חברת הנוער נשרים (1962) והגרעין האירופי. הקיבוץ ממשיך לצמוח בכל התחומים - ב-1959 נבנה חדר אוכל חדש ובריכת שחייה חדשה שהייתה הראשונה באיזור כולו. ב-1961 הרפת של הקיבוץ שוברת את השיא הארצי בתנובת החלב, וב-1964 בית המלאכה של הקיבוץ הופך למפעל 'מגן אלקטרוניקה' לייצור רדיו, פטיפונים ומגברים.
ההכנות למלחמת ששת הימים בקיבוץ מגן היו אינטנסיביות. כל הגברים גויסו לחפירת תעלות והנשים החליפו אותם בקטיף האפרסקים. החברים מילאו שקי חול, שיפצו בונקרים ממבצע קדש ובנו עמדות הגנה מסביב לכל הקיבוץ. ביום שבו פרצה המלחמה - ה-5 ביוני 1967, נקראו כל גברי הקיבוץ להצטייד בקסדות וברובים ולעלות לגבעת השייח' (סמוך לקיבוץ), משם הם ראו את הטנקים של צה"ל מפלסים את דרכם לכיוון הגבול עם מצרים. לאחר הניצחון הייתה תחושת הקלה גדולה בקרב חברי מגן, כיוון שהגבול התרחק מהם ובכך איום המסתננים מרצועת עזה (הפדאיון) הוסר סופית. בספרון 'אגדות מגן' פורסם סיפור על חבר הקיבוץ יוסל'ה, שהיה הראשון מחברי הקיבוץ שהעז לחצות את הקו הירוק לאחר המלחמה:
כל אותה העת מקפידים החברים לטפח גם את חיי התרבות בקיבוץ. התקבעה מסורת של קבלת שבת משותפת לכל החברים, הוקמה מקהלה, נבנה מגרש כדורסל, סרטים היו מוקרנים לחברים מידי שבוע, וב-1968 נחנך 'המועדון לחבר' ששימש כמקום להתכנסויות ואירועי תרבות.
בשנת 1973 איבד הקיבוץ שניים מחבריו: חגי מעיין, שנפל באפריל 1973 במסגרת המבצע 'אביב נעורים' לחיסול מנהיגי טרור בביירות, ואביהו אילן, שנפל במהלך מלחמת יום הכיפורים בחזית תעלת סואץ. בתחילת המלחמה חברים רבים גויסו למילואים וארבעה מתוכם נפצעו בלחימה. בזמן הלחימה החליט הקיבוץ לפתוח 'קיוסק' בצומת מגן, שם הגיש בחינם קפה ועוגיות לחיילים העושים את דרכם לחזית.
בחג ה-25 לקיבוץ (1974) שאלו את ילדי הקיבוץ מה הם יודעים על הימים הראשונים של מגן. אלו תשובותיהם:
ב-1975 נפתח בקיבוץ מפעל שמטרתו הראשונית הייתה לייצר מוצרים מפלסטיק והוא נקרא 'פלסטיק מגן'. המפעל התפתח לאורך השנים לכל מיני כיוונים, עד שבשנות השמונים יצא לדרך פרויקט 'הליו' לייצור קולטני שמש, שאיתו המשיך המפעל עד היום. כיום הוא נקרא 'מגן אקו אנרג'י'.
הקיבוץ ממשיך לצמוח ולהתפתח - מוקם אולם ספורט, מגיעות השלמות חדשות (חברת הנוער כפירים - 1978, קבוצת 'תפוז' מארגנטינה - 1980, גרעין 'לנגב' - 1984, חברת הנוער 'עלומים' - 1985, גרעין 'מרחבים' - 1986), יוצא לדרך הפרויקט 'וידאו מגן' במסגרתו מוקרנים סרטים, תכניות טלוויזיה, וחדשות הנוגעות לקיבוץ בטלוויזיה שנקנתה עבור החברים, מותקנים טלפונים בדירות החברים, ומוקמת 'פינת בראשית' שהיא למעשה מוזיאון קטן האוצר בתוכו את ההיסטוריה של הימים הראשונים במגן.
בעלון שיצא לכבוד חג הקיבוץ ה-34 (1983), התפרסמה רשימה של כל האירועים שהתקיימו לכבוד חג הקיבוץ במרוצת השנים:
ב-1987 מתחילות לראשונה בקיבוץ שיחות סוערות על מעבר ללינה משפחתית, וב-1988 נופלת ההחלטה והקיבוץ מתכונן לביצוע המעבר. ב-1989 הורחבו הדירות בקיבוץ על מנת לאפשר מקום לחדרי הילדים, ובכך הושלם סופית המעבר.
תהליכי ההפרטה בקיבוץ מגן החלו כבר בתחילת שנות ה-90 עם הצטרפות הקיבוץ לקרן פנסיה, והמשיכו בדיונים על ענפים אוטונומיים ב-1993, התקנת מוני חשמל בדירות והפרטת התשלום על המזגן והסיגריות ב-1995, הפרדת המשק מהקהילה ב-1996, הפרטת מחירי המזון, החשמל ובלאי הדירות ב-1997 והפרטות נוספות במשך מספר השנים הבאות. התהליכים נמשכו עד שנת 2016, אז מתקבלת בקיבוץ ההחלטה להישאר שיתופיים ומתחיל לפעול 'הצוות להתחדשות שיתופית'. עם זאת, שנתיים לאחר מכן ההצעה להתחדשות שיתופית נדחתה בשיחת הקיבוץ ותהליכי ההפרטה הושלמו באופן סופי.
משנות ה-90 ועד היום נאלצים חברי קיבוץ מגן להתמודד עם איום ביטחוני שהתבטא בעיקר בירי רקטי מכיוון רצועת עזה. ב-2006 מיגנו לראשונה את הגגות של בתי הילדים ומבני החינוך. ב-2008 הקיבוץ נאלץ להיאבק מול הממשלה על מנת לקבל מיגון נוסף ובהמשך התקינו מיגון לחלונות הבתים בקיבוץ. במהלך המבצעים 'עופרת יצוקה' (2009), 'עמוד ענן' (2012) ו'צוק איתן' (2014) היו בקיבוץ מספר קטן מאוד של ממ"דים, ולמרבית חברי הקיבוץ לא הייתה הגנה מספקת. רק בשנת 2015 הושלמה בניית הממ"דים בכל אחד מהבתים בקיבוץ. בכל המבצעים האלו נפלו מספר קסאמים בשטח הקיבוץ וגרמו נזק לרכוש, אך לא היו נפגעים בנפש.
כל אותו הזמן ולצד האיומים הביטחוניים הקיבוץ ממשיך לפרוח. בשנת 2000 הרפת של מגן מתאחדת עם קיבוץ גבולות, וכיום גם קיבוץ בארי שותף לה והיא נקראת 'רפת הנגב'. מוקמת 'גלריית הקיטור' בה מוצגות יצירות אמנות ותערוכות מגוונות ומטרתה לתת מקום לאמנים מהקיבוץ להציג את יצירותיהם; ב-2015 נערכת לראשונה תחרות טריאתלון בקיבוץ ומאז היא מתקיימת בקביעות כל שנה, ובקיבוץ מתקיימים בקביעות טקסים גדולים בכל החגים, חגיגת יום הילד וחג הקיבוץ.
בבוקר 7 באוקטובר 2024 הגיעה חוליה של כ-20 מחבלים לגדר של קיבוץ מגן. הם פוצצו את הגדר וחדרו לקיבוץ, אך בקרב הרואי שערך כשבע שעות הצליחו חברי כיתת הכוננות של מגן, לגמרי לבדם, להדוף את המחבלים ולמנוע מהם מלחדור אל תוך הבתים. במהלך הקרב נהרג אברהם פליישר - תושב הקיבוץ וחבר כיתת הכוננות, והרבש"ץ ברוך כהן נפצע אנושות ורגלו נקטעה. ב-8 לאוקטובר נעשה ניסיון חדירה נוסף אל הקיבוץ אך כוחות צה"ל הדפו אותו, ורק ב-9 לאוקטובר התאפשר פינוי התושבים לאזור ים המלח. שישה ימים לאחר המתקפה הראשונית נמצאה גופתו של חבר כיתת הכוננות ותושב הקיבוץ אופיר ירון, שנרצח בצומת מעון בדרכו לקיבוץ לעזור בקרבות.
במשך מעל לחצי שנה שהו תושבי מגן במלון בים המלח, ובמאי 2024 החל תהליך שמטרתו השבת התושבים לבתיהם שבקיבוץ, תהליך הנמשך שלושה חודשים. כעת, הרוב המוחלט של תושבי מגן נמצאים שוב בבתיהם, ונאלצים להמשיך להתמודד עם הקשיים הביטחוניים שמגיעים עם הקרבה לגבול עם רצועת עזה בשעת מלחמה. למרות הקושי, חברי הקיבוץ ממשיכים לתחזק את המפעל הקיבוצי ולקוות שיום יבוא ויוכלו לחיות בשלום ובנחת בביתם האהוב.